Το Κ.Ε.ΚΑ.Π.Ε.Ρ. –  Περιφέρειας Κρήτης έχει  ως βασική του αποστολή την συμβολή στην:

• Καταπολέμηση της  απειλής της ανεργίας η οποία προκαλείται από τις ραγδαίες τεχνολογικές/ βιομηχανικές αλλαγές.
• Προσαρμογή του εργατικού δυναμικού του νομού αλλά και της περιφέρειας  σ’ αυτές τις αλλαγές. 
• Παροχή επαγγελματικής κατάρτισης ,εξειδικευμένων συμβουλών και μεταφοράς τεχνογνωσίας που οδηγούν στην βελτίωση αλλά και στην εισαγωγή καινοτόμων δεξιοτήτων.
• Τοπική ανάπτυξη με την ορθολογική αξιοποίηση των συγκριτικών πλεονεκτημάτων του νομού.
• Προώθηση καινοτόμων πρωτοβουλιών  τόσο στην δια βίου εκπαίδευση και κατάρτιση όσο και σε άλλες δραστηριότητες με Ευρωπαϊκή σπουδαιότητα και επίδραση.
• Ανάπτυξη σχέσεων και συνεργασιών με διάφορους οργανισμούς, αρχές και ειδικούς επιστήμονες που βασίζονται στην ιδέα της ενεργού ανταλλαγής προβληματισμών για την βελτίωση της ποιότητας των κοινωνικών και οικονομικών δυνατοτήτων.
• Προώθηση πρωτοβουλιών για «ΙΣΕΣ ΕΥΚΑΙΡΙΕΣ» στην κατάρτιση και την απασχόληση.
• Καταπολέμηση των αιτιών που οδηγούν σε κοινωνικό και οικονομικό αποκλεισμό από την αγορά εργασίας, ειδικών κοινωνικών ομάδων.